К началу войны он командовал соединением тральщиков (корабли, осуществляющие очистку фарватеров от подводных боеприпасов) и имел звание «капитана первого ранга». С началом войны в его соединение влились конвойные (более быстроходные и лучше вооружённые) корабли. В составе, привлечённых из его соединения кораблей, он лично участвовал в проводке трёх полярных конвоев, осуществлявших доставку боевой техники, боеприпасов, топлива и других, необходимых оборонной промышленности, материалов. За успешное выполнение поставленных задач он получил звание Героя Советского Союза и второй орден Ленина. Тогда же он получил звание контр-адмирала, но, как шутил он сам, скорее не по делам, а по престижу, т.к. с английской стороны все конвои руководились только адмиралами. И, хотя в каждой шутке есть доля истины, я считаю, что он был оценён по заслугам.
В апреле 1942 года, осуществляя прикрытие конвоя PQ-13, проходившим в исключительно тяжёлых погодных условиях, приведших к потере караванного строя, он двое с половиной суток провёл на мостике, не покидая его. Его личными усилиями, рассеянный непогодой на десятки квадратных миль, караван был собран, удалось в полной мере восстановить боевое охранение, хотя к тому времени два судна каравана были потоплены немецкими крейсерами. Выполнив эту сложнейшую задачу, он передал управление караваном английскому адмиралу (не помню его фамилию) и ушёл в свою каюту на отдых. При подходе к Мурманску английский адмирал дал команду кораблям сопровождения входить в губу (узкий вход в залив) «своим ходом», т.е. на больших скоростях, что те и выполнили, оставив тихоходные транспортные суда без прикрытия. Немецкие подводные лодки, находившиеся в засаде на входе в узкую губу порта, пропустили конвойные суда и торпедировали три транспорта непосредственно на входе, которые очень быстро затонули, перекрыв обратный выход из бухты, вошедшим в неё патрульным кораблям. От нанесения большего ущерба каравану спасло то обстоятельство, что лодок было только две, израсходовав запас торпед, они спокойно ушли в море. Ситуация осложнилась тем, что вход в бухту стал временно недоступен, несколько суток корабли соединения Бориса Дмитриевича освобождали фарватер и эта сложнейшая задача была успешно решена в немыслимо короткие сроки. Планы движения последующих караванов не были сорваны.
Однако, иначе думал Главнокомандующий Вооружённых Сил Советского Союза Иосиф Виссарионович Сталин, который после доклада Главкома ВМФ Кузнецова Николая Герасимовича издал приказ о расстреле виновника печальных событий конвоя PQ-13, естественно, с нашей стороны, контр-адмирала Барсукова Бориса Дмитриевича. Узнав о приказе, Николай Герасимович лично попросил И. В. Сталина об отмене приказа, мотивируя просьбу личными заслугами контр-адмирала Барсукова Б.Д., особо отметив «папанинскую» эпопею, которой Сталин очень гордился. С аналогичной просьбой к Сталину обратился Иван Дмитриевич Папанин, начальник Главсевморпути, уполномоченный Государственного Комитета Обороны по перевозкам на севере. Сталин отменил свой приказ, написав при Кузнецове прямо по печатному тексту: "Оставить жить для истории, лишить звания Героя и адмиральского звания. Сталин."
Фотокопию этого документа отчиму передал Николай Герасимович в 1955 году (он хранится у его дочери Галины, живущей в Саратове), когда при деловом визите в Ленинград посетил наш дом. О его желании попасть к нам в гости мы узнали за три дня до встречи, в течение которых органы госбезопасности трясли наш двенадцати квартирный дом снизу доверху, да ещё досталось их внимания и на дом напротив нашего. Нас с матерью попросили сходить на ужин в ресторан, где мы в сопровождении сотрудника КГБ и провели три часа, платил он. Отчим возмущался, но Кузнецов сказал ему, что это требование КГБ.
в документах:
ЦВМА, ф. 3, оп. 1, ед.хранения: 1202